Wie der Name andeutet, wird diese Richtlinie eine Verbindung zwischen den projektbezogenen flexiblen Mechanismen des Kyoto-Protokolls (Clean Development Mechanism und Joint Implementation), die durch das Kyoto-Protokoll von 1997 geschaffen wurden und dem Emissionshandelssystem der EU herstellen. Die Mitgliedstaaten haben für die Umsetzung in einzelstaatliches Recht eine Frist von 12 Monaten.

Die neue Richtlinie wird es allen am Emissionshandel beteiligten europäischen Unternehmen ermöglichen, Gutschriften aus weltweit durchgeführten Projekten zur Verringerung der Treibhausgasemissionen auf ihre Verpflichtungen im Rahmen des Emissionshandels der Europäischen Union anzurechnen. Die bei diesen Projekten erworbenen Gutschriften werden in Zertifikate umgewandelt, die dann zur Erfüllung der eigenen Verpflichtungen genutzt werden können.

Die Kopplung der Kyoto-Mechanismen an das EU Emissionshandelssystem, das umfassendste in der ganzen Welt, wird es ermöglichen, die Kosten für die EU-Wirtschaft und die der am Emissionshandel teilnehmenden Unternehmen zu senken da zusätzliche Möglichkeiten zur Erfüllung der Anforderungen des Emissionshandelssystems angeboten werden. Die Anlagenbetreiber können zusätzliche Zertifikate erwerben indem sie kosteneffizient in Klimaschutzprojekte im Ausland investieren. Die Integration weiterer Mechanismen des Kyoto-Protokolls führt so zu einem größeren Marktvolumen für den Emissionshandel.

Das System wird ferner den Transfer umweltschonender Technologien in die Entwicklungsländer unterstützen.