Die Europäische Union hat am 13. Oktober 2003 die Emissionshandelsrichtlinie verabschiedet. Am 25. Oktober 2003 ist sie in Kraft getreten. Mit dieser Richtlinie wird ein System für den Handel mit Treibhausgasemissionszertifikaten in der EU geschaffen.
Sie sieht die europaweite Einführung des Handelssystems ab 1. Januar 2005 mit festen Handelsperioden (2005 bis 2007, 2008 bis 2012 und weiter im Fünfjahresrhythmus) vor. Dabei geht sie dem ersten Verpflichtungszeitraum des Kyoto-Protokolls (2008-2012), der der zweiten Stufe des Gemeinschaftssystems entspricht, voraus. Für die Umsetzung dieser Richtlinie gibt es auf europäischer Ebene eine Reihe von Handreichungen an die Mitgliedstaaten:

• Monitoring-Guidelines, die regeln, wie die CO2-Emissionen der Anlagen erfasst werden sollen,
  
• eine Register-Verordnung über die Buchung der zugeteilten und gehandelten Emissions-Zertifikate, damit der Handel nicht nur innerhalb der Mitgliedstaaten, sondern auch zwischen Betreibern in verschiedenen Mitgliedstaaten funktioniert,
• eine Anleitung der Kommission zur Erstellung der Nationalen Allokationspläne, in der die Kommission darlegt, worauf sie bei der Genehmigung dieser Pläne achten wird.

Ziel der EU Richtlinie Emissionshandel ist die Schaffung eines Umweltschutzinstruments zur kostenwirksamen Verringerung von Treibhausgasemissionen, das es der Union ermöglicht, ihren Verpflichtungen aus dem Rahmenübereinkommen der Vereinten Nationen über Klimaänderungen (UNFCCC) und dem Kyoto-Protokoll nachzukommen. Der Emissionszertifikatehandel sollte Teil eines umfassenden und kohärenten Politik- und Maßnahmenpaketes sein, das auf Ebene der Mitgliedstaaten und der EU durchgeführt wird.

Neben der generellen Senkung von Treibhausgasemissionen soll auch das reibungslose Funktionieren des Binnenmarktes gewährleistet und dem Auftreten von Wettbewerbsverzerrungen, die sich aus der Einrichtung getrennter nationaler Handelssysteme ergeben könnten, entgegengewirkt werden. Die erste Stufe des künftigen Systems umfasst den Zeitraum von 2005 bis 2007.

Die Mitgliedstaaten müssen sicherstellen, dass die Betreiber der durch den Emissionshandel erfassten Anlagen ab 2005 eine Genehmigung zur Emission von Treibhausgasen besitzen und Ihren Ausstoß von Treibhausgasen überwachen und darüber Bericht erstatten. Die zuständigen nationalen Behörden erteilen eine Genehmigung zur Emission von Treibhausgasen wenn sie davon überzeugt sind, dass der Betreiber in der Lage ist, die Emissionen zu überwachen und darüber Bericht zu erstatten.

Die Mitgliedstaaten stellen für jeden Verpflichtungszeitraum einen Nationalen Zuteilungsplan (NAP) auf. Aus diesem sollte hervorgehen, wie viele Zertifikate sie insgesamt für diesen Zeitraum zuzuteilen beabsichtigen und wie sie die Zertifikate zuzuteilen gedenken.

Gemäß Anhang III der EU-Richtlinie Emissionshandel (Kriterien für die Nationalen Zuteilungspläne) muss die Gesamtmenge der an Unternehmen auszugebenden Berechtigungen für die beiden erfassten Zeiträume (2005-2007 und 2008-2012) mit den Verpflichtungen der Mitgliedstaaten zur Emissionsbegrenzung und mit dem nationalen Programm zur Bekämpfung der Klimaänderung im Einklang stehen. Es dürfen nicht mehr Berechtigungen zugeteilt werden, als wahrscheinlich für die strikte Einhaltung der Kriterien des genannten Anhangs nötig sind. Zudem muss für den Zeitraum bis 2008 die Menge mit den Maßnahmen zur Erfüllung bzw. Überbietung der Ziele, die jedem Mitgliedstaat im Rahmen des Kyoto-Protokolls gesetzt wurden, übereinstimmen.

Für den Zeitraum 2005-2007 teilen die Mitgliedstaaten mindestens 95 %, für den Zeitraum 2008-2012 mindestens 90 % der Berechtigungen kostenlos zu.
Darüber hinaus hat die Kommission einen Bericht über die Anwendung der Richtlinie zu erstellen, in dem sie unter anderem der Frage einer weiteren Harmonisierung der Zuteilungsmethode unter Einschluss von Versteigerungen für die Zeit nach 2012 nachgehen soll.

Die Mitgliedstaaten sollen Vorschriften über Sanktionen festlegen, die bei einem Verstoß gegen die EU Richtlinie Emissionshandel zu verhängen sind und deren Durchsetzung gewährleisten. Die Sanktionen müssen verhältnismäßig, wirksam und abschreckend sein.

Die Mitgliedstaaten stellen sicher, dass die Zertifikate übertragbar sind zwischen:

• Marktteilnehmern innerhalb der EU
• Marktteilnehmern innerhalb der EU und Marktteilnehmern in Drittländern in denen die Zertifikate anerkannt werden

Die Mitgliedstaaten stellen sicher, dass Zertifikate, die von der zuständigen Behörde eines anderen Mitgliedstaates vergeben wurden, für die Erfüllung der Verpflichtungen jedes Betreibers innerhalb der EU genutzt werden können.

Die Mitgliedstaaten stellen sicher, dass der Betreiber für jede Anlage bis spätestens 30. 04. jeden Jahres die Anzahl an Zertifikaten abgibt, die dem Emissionsausstoß der Anlagen im vorherigen Kalenderjahr entspricht, und dass die Zertifikate anschließend gelöscht werden.

Die Mitgliedstaaten sorgen für die Einrichtung und Aktualisierung eines nationalen Emissionsregisters, um die genaue Verbuchung von Vergabe, Besitz, Übertragung und Löschung von Zertifikaten zu gewährleisten.

Jede Person kann Inhaber von Zertifikaten sein. Das Register ist der Öffentlichkeit zugänglich zu machen und in getrennte Konten aufzugliedern, um die Zertifikate der einzelnen Marktteilnehmer zu erfassen.

Die EU-Kommission benennt einen Zentralverwalter, um ein unabhängiges Transaktionsprotokoll über Vergabe, Übertragung und Löschung der Zertifikate zu führen. Der Zentralverwalter führt anhand des unabhängigen Transaktionsprotokolls eine automatisierte Kontrolle jeder Transaktion in den Registern durch. Damit soll sichergestellt werden, dass keine Unregelmäßigkeiten bezüglich Vergabe, Übertragung und Löschung der Zertifikate vorliegen. Bei Feststellen von Unregelmäßigkeiten werden die Mitgliedstaaten darüber unterrichtet.

Die Mitgliedstaaten legen der EU-Kommission jedes Jahr einen Bericht über die Anwendung der EU-Richtlinie Emissionshandel vor. In diesem Bericht ist insbesondere auf die Regeln für die Zuteilung der Zertifikate, das Funktionieren der Register, die Anwendung der Monitoring Guidelines sowie die Prüfung und Fragen der Einhaltung der Richtlinie und gegebenenfalls der steuerlichen Behandlung von Zertifikaten einzugehen.

Auf Grundlage der Berichte der Mitgliedstaaten veröffentlicht die EU-Kommission einen Bericht über die Anwendung der EU-Richtlinie Emissionshandel innerhalb der EU.

Ursprünglich war die Richtlinie auf Kohlendioxid (CO2) konzentriert. Ab 2008 können die Mitgliedstaaten das Gemeinschaftssystem aber auch auf andere Treibhausgase (z. B. Methan, Distickstoffmonoxid, teilhalogenierte Fluorkohlenwasserstoffe, perfluorierte Kohlenwasserstoffe und Schwefelhexafluorid), die unter anderem in der Aluminiumindustrie oder im Chemiesektor anfallen, anwenden.